双轨制定修程导致修程增加从而造成运用效率降低和检修成本浪费。从2006年3月1日开始实行至今，因为铁路进行多次提速和实施新的《铁路货车运用维修规程》对铁路列检所进行大规模的调整，减少了列检作业时间和频次，使机列的走行里程大幅度增加，办法中走行里程确定的依据是2005年前10年各机冷车走行公里的平均值8万km/年左右，但实际情况是铁路实行提速后，走行里程和预想相比变化较大，柳州分公司随机抽查10个机列(391,396,383,407,399,400,360,362,341,347)，从2012年6月1日至2012年12月31日止，月走行里程8 500 km以上有4个机列(391,396,383,347),10个机列平均达到8 400 km,远远超过原先估计的月平均里程6600 km，从而出现1个机列每年可能出现2个修程的现象。目前的实际情况是辅修按1年到期扣修、段厂修是按走行里程扣修，因为走行里程无法满足原先预期，从而出现1个机列1年有2次修程的现象。经统计柳州分公司配属的机列，从2009年至2011年有22个机列发生每年2个修程的现象(其中二辅做完后当年又做段修有12列、二辅做完后当年做厂修的有3列、一辅做完后当年又做厂修的有7列)，而且此趋势逐年增加。每年出现2个修程就造成增加一次扣车往返空排和检修休时，严重影响机冷车使用效率，同时因增加修程造成机冷车检修成本、检修资源的浪费。 2三机检修与车辆检修无法有效接轨 按办法规定，制冷机按运转工时分三级修，柴油机、电机电器按运转时间实行四级修，同样依据是以往三机运转工时的平均值测定，但实际情况是车辆走行里程和三机修程无法统一，甚至差距较大，在车辆辅修时出现吊机组检修的现象，造成该修程检修休时的延长。
